8 Juli 2021

RNA: Genetik Virus Corona di Balik Kemunculan Delta

Oleh: Ahmad Zaenudin


Tatkala varian SARS-CoV-2 bernama Delta muncul untuk pertama kalinya pada Desember 2020 di negara bagian Maharashtra, India, umat manusia--karena sudah terbiasa hidup berdampingan dengan virus di balik wabah Covid-19 ini--tak menggubris kedatangannya. Naas, selayaknya orang-orang yang melakukan hijrah dari desa ke kota, Delta pun melakukannya untuk tiba di New Delhi. Di kota yang menggantikan posisi Kolkata sebagai ibukota India itu, Delta tiba dengan perangai yang keji, sekeji membuat 300.000 penduduk New Delhi, setiap harinya sejak akhir April lalu, terinfeksi Corona dan membuat lebih dari 400.000 penduduk, hingga awal Juli kemarin, merenggang nyawa.

Varian virus Corona ini, sialnya, tak hanya mengamuk di India. Didukung interkoneksi antar-negara yang tinggi dan kian melemahnya protokol kesehatan, Delta tiba di hampir semua negara di dunia. Di Inggris, Portugal, Rusia, dan negara-negara Asia, misalnya, 90 persen total infeksi baru yang terjadi dalam beberapa bulan terakhir disebabkan oleh Delta. Begitu pun di Indonesia. Delta menjadi aktor utama di balik meroketnya infeksi Corona di Tanah Air, hingga menyebabkan negeri ini duduk di posisi ke-16 di dunia sebagai yang paling parah diamuk Corona. 

Kai Kupferschmidt, dalam artikelnya berjudul "Delta Variant Triggers New Phase in the Pandemic" (Science Vol. 372 2021), menyebut bahwa ganasnya Delta terjadi karena varian virus Corona ini lebih menular, yang diperkirakan oleh ilmuwan menular 50 hingga 100 persen dibandingkan varian-varian lain--termasuk versi original Wuhan. Tak ketinggalan, merujuk studi yang dilakukan otoritas kesehatan Inggris dan Israel, mengerikannya Delta didukung pula oleh kenyataan bahwa ia lebih kebal terhadap vaksin. Jika satu dosis vaksin Corona dari AstraZeneca atau Pfizer dapat mengurangi resiko Covid-19 varian non-Delta hingga 50 persen, misalnya, vaksin-vaksin ini hanya dapat mengurangi risiko gejala COVID-19 yang disebabkan Delta sebesar 33 persen. Sayangnya, tidak ada studi apapun tentang keefektifan vaksin-vaksin buatan Cina, semisal CoronaVac, dalam menghadapi Delta.

Atas keganasannya ini, pertanyaannya adalah, mengapa usai lebih dari 1,5 tahun dunia kedatangan wabah Corona, Delta tiba-tiba hadir untuk merusak harapan tibanya kehidupan normal?

Keserampangan RNA, Kehadiran Delta

Pada Desember 2019 silam, Li Wenliang, dokter spesialis mata di salah satu rumah sakit di Wuhan, Cina, tersadar bahwa ada sesuatu yang aneh di rumah sakit tempatnya bekerja. Keanehan itu, tersadar dokter yang saat itu berusia 34 tahun, adalah adanya tujuh pasien yang mengidap penyakit yang sama, yakni pneumonia--dengan demam, batuk-batuk, dan paru-paru yang dipenuhi cairan sebagai gejalanya. Namun, tatkala berkas medis ketujuh pasien tersebut ia periksa secara mendalam, Li meyakini bahwa pneumonia bukanlah penyakit yang mereka derita. Dan yang lebih mengejutkan, sang dokter menemukan fakta bahwa pasien-pasien tersebut bekerja di tempat yang sama, yakni sebuah pasar ikan di Wuhan.

Bagi Li, sebagaimana dipaparkan Carl Zimmer dalam bukunya berjudul A Planet of Viruses (Edisi ketiga, 2020), ketujuh pasien tersebut mengingatkannya pada wabah Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) yang pernah menimpa Cina 17 tahun sebelumnya. Maka, ketujuh pasien itu Li simpulkan, sangat mungkin merupakan pertanda telah terjadinya wabah baru di Cina. Suatu kesimpulan yang lantas ia sebarkan kepada rekan-rekannya sesama dokter melalui WeChat pada 30 Desember 2019, dan sebagaimana kisah-kisah klasik tentang media sosial, peringatan itu menyebar pula ke seantero Cina. Naas, selayaknya Xi Jinping yang tak terima disebut mirip Winnie The Pooh, Pemerintah Cina pun tak terima dengan peringatan yang diberikan sang dokter. Kepolisian setempat, pada 3 Januari 2020, memaksa Li menandatangani surat yang menyatakan bahwa ia "menganggu ketertiban masyarakat" karena telah "menyebarkan informasi yang tidak akurat."

Hanya berselang beberapa hari usai surat paksaan dari kepolisian itu ditandatangani Li, semua orang di dunia tahu bahwa sang dokter memang berkata jujur. Dunia kedatangan wabah baru, wabah bernama Covid-19.

Tentu, meskipun sempat menuduh Li menyebarkan hoaks, Cina akhirnya mengakui bahwa wabah Covid-19 benar-benar terjadi. Wuhan, kota pertama kasus Corona, dikarantina Beijing secara total sejak 24 Januari 2019. Sikap yang patut dipuji, tetapi, sebagaimana dipaparkan Matteo Chinazzi dalam studinya berjudul "The Effect of Travel Restrictions on the Spread of the 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Outbreak" (Science Vol. 368 2020), keterlaluan lambatnya. Bagi Chinazzi, yang melakukan penelitian penyebaran wabah melalui teknik bernama Global Epidemic and Mobility Model (GLEAM), pengkarantinaan Wuhan secara keseluruhan yang lambat tersebut berhasil menekan laju penularan Corona hingga 58 persen ke seluruh dunia. Maka, andai Cina langsung sigap menaindaklanjuti peringatan yang diberikan dr. Li, Corona sangat mungkin tidak akan terlalu parah menghancurkan dunia.

Untunglah, tidak semua pihak selambat pemerintah Cina. Bukan, bukan pemerintah Amerika, Inggris, atau bahkan Indonesia yang bertindak jauh lebih gesit dibandingkan Cina. Ilmuwan, garda terdepan dalam memahami Corona, adalah pihak yang terhitung bergerak sangat cepat itu.

Lucy van Dorp, ahli genetik pada Genetic Institute of University College London, Inggris, dalam studinya berjudul "Emergence of Genomic Diversity and Recurrent Mutations in SARS-CoV-2" (Journal of Infection, Genetics and Evolution Vol. 83 2020), menyebut bahwa, berselang enam hari usai dr. Li dipaksa menandatangani surat kepolisian, ilmuwan berhasil memetakan materi genetik, genom yang dinamai Wuhan-HU-1, pada virus yang menyebabkan wabah Covid-19 ini. SARS-CoV-2, nama yang kemudian diberikan pada penyebab Covid-19 ini, merupakan anggota keluarga Coronavirus (CoV), sepupu dari virus penyebab wabah Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) dan Middle East Respiratory Syndrome (MERS) yang menjangkiti dunia, khususnya Cina, Korea Selatan, dan Arab Saudi, pada 2002 dan 2018 lalu, yakni SARS-CoV-1 dan MERS-COV. Namun, meskipun berhubungan erat dengan SARS-CoV-1 dan MERS-COV, SARS-CoV-2 diyakini bukan merupakan evolusi dari virus tersebut. Ini terjadi karena SARS-CoV-2 jauh lebih identik, seidentik 96 persen kemiripan genomnya, dengan BatCoV RaTG13, virus Corona yang beranak pinak di, dan memangsa, kelelawar.

Sayangnya, meskipun memiliki keidentikan hingga 96 persen, tingkat keindentikan yang sangat tinggi ini tidak bisa dianggap pula bahwa SARS-CoV-2 merupakan evolusi dari BatCoV RaTG13. Sebab, andai SARS-CoV-2 dianggap sebagai evolusi dari BatCoV RaTG13, ilmuwan memerlukan bukti pendukungnya. Bukti yang hingga kini tak pernah dimiliki hingga menyebabkan munculnya isu simpang-siur bahwa virus di balik Covid-19 ini dibuat di laboratorium.

Kenyataan bahwa Corona merupakan virus yang menjadi penyebab wabah yang tak berkesudahan hingga hari ini, sialnya, sangat menyedihkan. Menyedihkan karena, tulis Daniele Mercatelli, ahli bioteknologi pada University of Bologna, Italia dalam studinya berjudul "Geographic and Genomic Distribution of SARS-CoV-2 Mutation" (Journal of Frontiers in Microbiology Vol. 11 2020), Corona merupakan makhluk hidup yang tersusun oleh RNA beruntai-tunggal untai-positif (single-stranded positive-strand RNA). Fakta biologis yang menuntun kelahiran varian Delta.

RNA, atau ribonucleic acid (asam ribonukleat), secara sederhana merupakan DNA (deoxyribonucleic acid/asam deoksiribonukleat) versi mungil. Turunan molekul asam nukleat yang berfungsi sebagai medium menyimpan kode genetik guna kebutuhan si makhluk hidup, wabilkhusus untuk mewariskan sifat kepada keturunannya. Secara biologis, RNA tersusun oleh empat protein, yakni spike, envelope, membrane, dan nucloecapsid yang bahu-membahu menyusun kode genetik selayaknya kode binari pada komputer. Andai "01100001" pada binari menghasilkan "a" (kecil) di layar komputer, misalnya, maka kode "CUU" yang termuat dalam RNA memerintah organisme untuk menambah leusina (salah satu asam amino yang berperan dalam pembentukan otot) pada keturunannya. SAR-CoV-2, si biang keladi Work From Home (WFH) ini, memiliki RNA sepanjang 29.903 asam amino (atau dapat dianalogikan sebagai "baris kode" dalam dunia komputer).

Salah satu pembeda utama RNA dibandingkan DNA adalah tidak adanya enzim yang bekerja untuk melakukan proofreading (pengoreksi). Atau, andaipun ada, enzim pengeroksi pada RNA terlalu lemah, tak sehebat milik DNA. Bagi makhluk hidup yang tersusun oleh DNA, dan karenanya memiliki enzim pengoreksi (bernama polymerases), tatkala ia berkembang biak, keturunannya akan memiliki kode genetik yang identik (atau tidak jauh berbeda) dengan induknya, yang terjadi karena polymerases melakukan proses pengecekan kode genetik yang diturunkan. RNA, yang tidak memiliki (atau memiliki tetapi enzimnya lemah), tidak dapat melakukan pengecekan ini. Maka, tatkala makhluk yang tersusun dari RNA berkembang biak, mutasi--perubahan kode genetik pada keturunannya--sangat mungkin terjadi.

Secara umum, kemungkinan terjadinya mutasi pada makhluk hidup yang disusun oleh RNA adalah 10 pangkat -6 hingga 10 pangkat -4. Artinya, di setiap 1 juta virus SARS-CoV-2 yang baru lahir ke dunia, satu hingga 100 di antaranya memiliki kode genetik yang tak serupa dengan induknya. Mercatelli, yang melakukan analisis terhadap 48.637 genom SARS-CoV-2 yang diperolehnya dari Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) pada pertengahan 2020 lalu dan membandingkannya dengan Wuhan-HU-1, menyatakan bahwa ia menemukan 7 mutasi genetik pada biang keladi Pemberlakuan Pembatasan Kegiatan Masyarakat (PPKM) ini. Di sisi lain, kembali merujuk studi yang dilakukan Dorp, di waktu yang hampir bersamaan, ia menemukan adanya 198 mutasi SARS-CoV-2.

Sementara itu, Elmira Mohammadi, ahli fisiologi pada Applied Physiology Research Center, Isfaham University of Medical Sciences, Iran, dalam studi yang baru saja keluar berjudul "Novel and Emerging Mutations of SARS-CoV-2: Biomedical Implications" (Jornal of Biomedicine & Pharmacotherapy Vol. 139 2021), menemukan adanya 353.341 mutasi pada ribuan sampel genom SARS-CoV-2 dari seluruh dunia yang diperiksanya.

Besarnya kemungkinan mutasi pada diri makhluk hidup yang tersusun melalui RNA seperti Corona terlihat menakutkan. Namun, sebagaimana dipaparkan Esteban Domino dalam "RNA Virus Mutations and Fitness for Survival" (Annual Review of Microbiology Vol. 51 1997), mutasi sebetulnya sangat mungkin merugikan--bahkan mengancam terjadinya kepunahan--dengan sebab yang sama dengan mengapa mutasi sering terjadi pada makhluk RNA, yakni ketiadaan enzim pengecekan. Karena ketiadaan enzim ini, makhluk RNA tidak memiliki kemampuan apakah perubahan genom yang dikandungnya baik untuk dirinya atau tidak. Maka, andai genom yang terbentuk karena mutasi buruk, makhluk RNA yang baru lahir sangat mungkin tidak dapat beradaptasi dengan lingkungannya. Tak ketinggalan pula, dengan ketiadaan proofreading, sangat mungkin keturunan yang dihasilkan induk makhluk RNA terlahir cacat dan mati seketika. Tentu, keserampangan makhluk RNA menduplikasi dirinya ini dapat pula melahirkan keturunan yang lebih ganas.

Dalam kasus SARS-CoV-2, dari 353.341 mutasi (seperti yang diperkirakan Mohammadi dari sampel yang diperiksanya), hanya enam mutasi yang akhirnya menciptakan varian yang cukup mengkhawatirkan, yakni SARS-CoV-2 202012/01 (Alpha) yang muncul di Inggris, SARS-CoV-2 20 H/501Y.V2 (Beta) yang muncul di Afrika Selatan, SARS-CoV-2 P.1 (Gamma) yang muncul di Brazil, SARS-CoV-2 B.1.617.2 (Delta) yang muncul di India, SARS-CoV-2 P3 yang muncul di Jepang, SARS-CoV-2 B.1.526 (Iota) yang muncul di Amerika Serikat, dan SARS-CoV-2 B.1.617.1 (Kappa) yang muncul di Inggris.

Dengan kemunculan varian-varian yang mengkhawatirkan ini, kehidupan normal nampaknya mundur terjadi.







 

 

© 2016-2021 Madzae